| 焉耆府 | 光绪二十四年 | 旧喀喇沙尔回城,以喀喇沙尔直隶厅升置 |
| 新平县 | 光绪二十四年 | 府南360余里,以罗布淖尔地区置县 |
| 轮台县 | 光绪二十八年 | 府西南615里,以布古尔分防巡检地置县 |
| 婼羌县 | 光绪二十八年 | 府东南1200余里,以卡克里克县丞地置县 |
| 温宿府 | 光绪二十八年 | 阿克苏道治所,旧阿克苏回城,以原温宿直隶州升置 |
| 温宿县 | 光绪二十八年 | 府北25里,以原温宿府旧城巡检地置县 |
| 库车直隶州 | 光绪二十八年 | 以原库车直隶厅地升置 |
| 沙雅县 | 光绪二十八年 | 库车州南180里,以沙雅尔回庄置县 |
| 疏勒府 | 光绪二十八年 | 喀什噶尔道治所,旧喀什噶尔道徕宁城,以原疏勒直隶州升置 |
| 伽师县 | 光绪二十八年 | 府东160里处,以牌素巴特回庄置 |
| 洛浦县 | 光绪二十八年 | 州东70里,以和阗东境玉河以东、于阗西境一根阑干以西置 |
| 莎车府 | 光绪二十八年 | 旧叶尔羌回城,以原莎车直隶州升置 |
| 蒲犁分防通判 | 光绪二十八年 | 府西南800里,以旧色勒库尔地置 |
| 巴楚州 | 光绪二十八年 | 府东240里,以原玛喇巴什直隶厅改设,因治巴尔楚克,改名巴楚州;原属疏勒府,光绪二十九年改属莎车府 |
| 皮山县 | 光绪二十九年 | 府东南410里,旧口玛回庄;光绪二十八年于一肯苏各庄置泽普县,光绪二十九年移治口玛,改为皮山县 |
